古代的斯堪的納維亞人（Vikings）利用北冰洋干爽寒冷的空氣生產一種脆魚。南美古印第安人利用自然條件冷凍干燥生產一種被稱為chuno的馬鈴薯淀粉。

1890年，阿特曼在制作生物標本時，為防止標本中的成分在有機溶劑中解，采用冷凍干燥法制作標本。

1909年謝蓋爾將凍干機引入細菌學和血清學。他采用鹽冰預凍，在真空狀態下，用硫酸作吸水劑，對抗毒素、狂犬病毒等進行凍干，其設備十分簡陋，但卻是后來凍干機的雛形。

1935年，第一臺商用凍干機問世。自此以后冷凍干燥技術不再是實驗室內科學研究的手段。1940年，凍干人血漿投放市場。第二次世界**中，由于需要大量的凍干人血漿和青霉素，因而凍干技術在醫藥等方面的應用得到迅速發展。

1949年弗洛斯道夫第一本有關凍干技術和理論的書籍。

1951年和1958年在英國倫敦先后召開了第一屆和第二屆以凍干為主題的專題討論會。

新中國成立前，在我國只有實驗室用簡易的凍干裝置進行實驗。

1953年，衛生部北京和武漢生物制品研究所安裝了大型凍干設備，邁出了我國生物制品凍干工業的第一步。后來在其他人用、獸用生物藥品廠、生化藥廠等制藥行業得到飛速的發展。

國內在70年代開始生產制造凍干機，當時由于生產工藝落后，加工水平較低，制造的凍干設備遠遠落后于國際凍干設備，因此，遠不能滿足國內凍干生產的要求。

90年代，國內出現多家仿制國際品牌凍干機的生產廠家，其產品都達到了替代進口凍干機要求。

95年開始國內對凍干機提出了新的要求，為滿足國家藥品生產管理的需要，滿足藥品生產的凍干機開始大量運用在藥品生產中。